虽和五阿哥永琪（古巨基 饰）最终结为连理，还珠但是格格小燕子（黄奕 饰）丝毫不改调皮顽劣的本性，伙同永琪、第部尔康（周杰 饰）、还珠紫薇（马伊俐 饰）又惹出不少乱子，格格更时不时假传圣旨安排晴儿（王艳 饰）和萧剑（黄晓明 饰）见面。第部在此过程中，还珠小燕子渐渐弄清了自己的格格身世，由此对永琪和一向亲近的第部皇阿玛产生了矛盾复杂的情怀。皇太后担心永琪的还珠子嗣问题，遂将美女知画（秦岚 饰）送到永琪身边，格格也使得小燕子和永琪之间产生更大的第部裂痕。不久，还珠边疆发生战乱，格格尔康随军南下，第部他和紫薇也面临着生离死别的考验……